SAP Business One 与SAP R/3的区别针对的企业规模不同：
SAP Business One针对的是中小微型的业务复杂程度较低的企业客户。
SAP R3（ECC）针对的是中大型的业务较为复杂的跨国、集团性企业客户。
技术架构不同：
SAP Business One是个打包的全面集成的系统，它包含了进销存（供应链）、财务、生产（订单级）、人力资源、客户关系管理（CRM）和系统管理等功能；并且所有功能模块都是默认就有的，购买软件licence以后所有的模块就都有了，不能分模块购买，如果要增强它的功能，SAp和其合作伙伴提供了许多叫做“附加项（ADD-ON）”的功能增强模块，提供了非常灵活的系统扩展性。
SAP R3（ECC）是组件化的系统，它包含了我们常见的：PP、MM、SD、FICO、QM、HR、CRM、ABAP（详细介绍可参考：SAP All-in-One 这篇文章）等等模块化组件供企业按需选择配置。
数据库不同：
SAP Business One是用SQL Server；
SAP R3早期应用的是oracle的数据库，现在应用的是IBM的DB2；
当然，现在也有SAP HANA。
项目复杂度及项目实施周期不同：
SAP Business One的一个中心设计思想就是要简单实用，所以它的定制、使用和实施都非常简单，一般一个项目1~2个月就可以完成了，一个具备基本的计算机操作技能的人能够很快的学会SAP Business One 的基本操作。
SAP R3（ECC）按不同模块，项目的实施周期需要根据企业的实际业务需求评估。
两款产品的联系：
1、都是德国SAP公司旗下的ERP产品，有着相似的管理理念及界面风格；
2、中小企业应用SAP Business One后，业务及规模扩大后可无缝升级为SAP R/3等高端系统；
3、大型企业可以在总部和重要工厂使用SAP R/3，而在小型工厂和分支机构采用SAP B1，这些系统之间可以无缝集成，实现数据共享；
4、 SAP Business One在功能上继承了SAP的主要特点，扩展性和灵活性较高，比如可以自定义流程、可以自定义扩展字段、自定义查询、自定义报表等等。
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